Somaklonal varyasyon, doku kültürü ortamına alınmış somatik hücrelerde meydana gelen varyasyondur. Bu varyasyon, mutasyon ve epigenetik varyasyona bağlı olarak meydana gelmektedir. Mutasyon kalıcıdır, epigenetik varyasyon ise genetik karakterlerde olmayan varyasyonlardır.