Amasya Protokolü'nün esasları;
- Türk illerinin düşmana şu veya bu suretle terk olunmaması, hiçbir himaye ve manda kabul edilmemesi, Türk vatanının bütünlüğünün ve bağımsızlığının korunması.
- Müslüman olmayan topluluklara Türk memleketlerinin siyasi egemenlik ve sosyal dengesini bozacak biçimde ayrıcalıklar verilmemesi.
- Anadolu ve Rumeli Müdafaa-i Hukuk Cemiyeti'nin hukuki bir kurul olmak üzere İstanbul Hükümeti tarafından tanınması.
- İtilaf Devletleri ile Osmanlı Devleti arasında barışın kurulması için toplanacak konferansa Heyet-i Temsiliye tarafından da uygun görülen kimselerin gönderilmesi.
- Osmanlı Meclis-i Mebusan'nın İstanbul'da toplanmasının güvenlik bakımından uygun olmadığı.